1939/1945 - Ritorno a Madrid ed espansione dell'apostolato in Spagna

1939 Il 28 marzo il Beato rientra a Madrid in un autocarro con le prime truppe di liberazione. La Residenza di via Ferraz 16 è stata distrutta dai bombardamenti, ma questo non gli impedisce di dare subito nuovo slancio all'apostolato. Nel giro di pochi mesi egli apre una nuova Residenza universitaria in via Jenner. Nel frattempo ha ceduto gratuitamente l'appartamento che occupava come Rettore del Patronato de Santa Isabel alla comunità delle Agostiniane recollette, il cui convento è stato seriamente danneggiato dalla guerra.
In condizioni materiali di grave disagio, compie frequenti viaggi in diversi capoluoghi di provincia, dove entra in contatto con numerose persone e promuove l'inizio di attività apostoliche stabili. Il Signore benedice la sua fede e gli dona ben presto nuove vocazioni. In dicembre, compiendo l'antica promessa fatta a suo padre, consegue il dottorato in Diritto all'Università di Madrid.

1940-1942 II Signore permette che si scatenino aspre incomprensioni nel confronti del fondatore: viene accusato di eresia, di aver fondato una setta segreta, di voler soppiantare gli ordini religiosi; è denunciato al Tribunale per la repressione della massoneria. Egli perdona di tutto cuore coloro che ostacolano i suoi apostolati: prega per loro, annoverandoli fra i suoi benefattori; è persuaso che agiscano in buona fede. Continua serenamente il suo lavoro, ma soffre perché queste ingiuste dicerie offendono Dio e per il danno che arrecano alle anime e alla Chiesa. Invita i suoi figli a tacere, perdonare e sorridere; li esorta a non rispondere agli attacchi di cui sono fatti segno e a non mancare alla carità neppure con il pensiero. Accoglie gioiosamente la Croce come una benedizione divina e come occasione di purificazione.

Il vescovo di Madrid, nell'intento di creare un argine a questa dolorosa situazione, decide di procedere a una prima approvazione canonica in scriptis dell'Opus Dei. Il Beato non lo ha mai sollecitato in questo senso, dato che nella legislazione ecclesiastica vigente non esiste una figura che rispecchi adeguatamente il carisma fondazionale, ma obbedisce e presenta a mons. Eijo y Garay la relativa istanza e i Regolamenti dell'Opus Dei. Così, il 19 marzo 1941 l'Opera è approvata come Pia unione. Parallelamente al diffondersi delle maldicenze, si estende anche la fama di santità del Beato: molti vescovi lo invitano a predicare gli esercizi spirituali al clero della loro diocesi, ai seminaristi e ai laici delle organizzazioni cattoliche; richieste analoghe gli giungono dai superiori di diversi ordini e congregazioni religiose. Ed egli percorre tutto il Paese, svolgendo un solerte e abnegato servizio ecclesiale: si contano a migliaia i sacerdoti che ascoltano la sua parola e ricevono a uno a uno la luce dei suoi consigli durante gli esercizi.
Mentre il Beato predica a Lérida gli esercizi spirituali al vescovo e al clero diocesano, a Madrid muore improvvisamente sua madre. È il 22 aprile 1941. La signora Dolores aveva trascorso gli ultimi anni della sua vita prodigandosi a sostenere l'apostolato del figlio: aiutata dalla figlia Carmen, si era presa cura dell'amministrazione domestica dei primi Centri dell'Opus Dei.
Nel mese di luglio il Beato apre a Madrid il primo Centro femminile dell'Opus Dei, in via Jorge Manrique. Il Beato pensa già al futuro sviluppo dell'Opera e lo vuole caratterizzato da quell impronta di romanità che costituisce una sua caratteristica essenziale fin dal momento della fondazione: invia due figli suoi a Roma, a studiare e conseguire una laurea ecclesiastica presso il Pontificio Ateneo Lateranense.

1943 II 14 febbraio, mentre celebra la santa Messa nel Centro di via Jorge Manrique, a Madrid, grazie a una speciale illuminazione divina, trova la soluzione giuridica, invano cercata fino ad allora, che rende possibile l'ordinazione sacerdotale di membri laici dell'Opus Dei e la loro disponibilità all'assistenza spirituale degli altri membri e delle attività apostoliche promosse dall'Opera. Il Beato fonda così la Società Sacerdotale della Santa Croce, inseparabilmente unita all'Opus Dei, e stabilisce che ordinariamente i suoi figli ricevano il presbiterato dopo aver esercitato per anni la propria professione civile e aver portato a termine gli studi teologici, compreso il dottorato ecclesiastico. Dietro consiglio del vescovo di Madrid, e di altri vescovi ed ecclesiastici, il Beato decide di compiere un altro passo nel cammino giuridico dell'Opera e manda a Roma l'ing. Alvaro del Portillo, allo scopo di preparare l'erezione canonica. Con il nihil obstat della Santa Sede (11 ottobre 1943), la Società Sacerdotale della Santa Croce viene canonicamente eretta dal vescovo di Madrid l'8 dicembre.

1944 Il 25 giugno, mons. Eijo y Garay ordina i primi tre sacerdoti dell'Opus Dei: don Alvaro del Portillo, don José María Hernández de Garnica e don José Luis Mùzquiz. Tutti e tre sono ingegneri e da anni stanno portando avanti gli studi ecclesiastici; la loro preparazione spirituale e pastorale è stata curata personalmente dal fondatore. Fino a questo momento il Beato è stato l'unico sacerdote dell'Opera e la formazione spirituale dei membri è ricaduta interamente sulle sue spalle: ora, grazie al ministero dei nuovi presbiteri, egli può ampliare le iniziative apostoliche e formative.
Nello stesso anno, pubblica un approfondito studio teologico-giuridico intitolato La Abadesas de las Huelgas. Agli inizi di ottobre egli predica gli esercizi alla comunità agostiniana del monastero dell'Escorial e qui viene colpito da una forma acuta di diabete mellito. Nonostante la gravità della malattia, non allenta la propria incessante attività sacerdotale.

1945 II Beato apre Residenze universitarie in diversi capoluoghi spagnoli e compie tre viaggi in Portogallo, allo scopo di predisporre l'immediato inizio di attività apostoliche stabili.